Options(ExecCGI)

Optionsは、指定のディレクトリに、特定の機能を付与するディレクティブ。

core - Apache HTTP サーバ バージョン 2.4
特定のディレクトリでCGIを実行する(Option, AddHandler) - CGIの利用 - Apache入門

基本的には、ScriptAliasで指定したディレクトリはCGIを実行できる。
ただし、「そうでない」ディレクトリでも「.cgiの拡張子など」であればCGIを実行したい場合もあるだろう。
OptionsでExecCGIを指定し、AddHandlercgi-scriptの実行拡張子として".cgi"などを追加すれば、CGIを実行できる。
(「」を付けたところをこれまで勘違いしてて、ScriptAliasと一緒に使うわけじゃない。あくまでそうでないディレクトリに対して。)

Alias /local "/usr/local/www"
<Directory "/usr/local/www">
    Require all granted
</Directory>

Alias(ScriptAliasではない)で/localを指定する。
/usr/local/wwwの下にtest.cgiを作成し、

#!/usr/bin/perl

# ヒアドキュメントでテスト用CGIを書く.
$text = <<END; # ENDの前まで格納する.
Content-Type: text/html

<html>
  <head>
    <title>
      TestCGI2
    </title>
  </head>
  <body>
    TestCGI2
  </body>
</html>
END

# $textの出力.
print $text; # $textを出力.

こう書く。

ScriptAliasではないのでテキストとして表示
ScriptAliasではないのでテキストとして表示

当然、ScriptAliasではないのでテキストとして表示されてしまう。

Alias /local "/usr/local/www"
<Directory "/usr/local/www">
    Options ExecCGI
    AddHandler cgi-script .cgi
    Require all granted
</Directory>

Options ExecCGIとAddHandler cgi-scriptで.cgiを指定。

これでCGIとして表示される。
これでCGIとして表示される。

これでScriptAliasでなくても、.cgiであればCGIとして表示される。